A missão do Programa Mais Ciência na Escola é promover o letramento digital e a educação científica na educação básica das escolas públicas brasileiras, por meio da implantação e operação de laboratórios maker. O programa busca estimular o protagonismo dos estudantes, o desenvolvimento de competências em ciência, tecnologia, engenharia, artes e matemática (STEAM) e a apropriação prática dos conteúdos escolares, transformando ideias em criações dentro do ambiente escolar. Além disso, o programa promove a formação continuada dos professores, o desenvolvimento de planos de atividades pedagógicas e o fortalecimento da parceria entre instituições de ensino, pesquisa e inovação para garantir o acesso equitativo à educação científica e tecnológica, ampliando oportunidades e preparando os estudantes para o futuro.​

Resumidamente, a missão do programa é democratizar a educação científica e tecnológica, promovendo inovação, inclusão digital e formação de habilidades críticas e criativas em alunos da educação básica nas escolas públicas do Brasil